Проблема осталась только с CrossOver и PlayonLinux.

В общем, я тут побродил немного по смежным дистрибутивам, схожие проблемы наблюдаются у Linux на ветке debian unstable. С версии 15.7 китайцы перевели дистрибутив на более новую ветку Debian, и посыпались проблемы веером. Что-то стало лучше, что-то хуже. Если у вас возникает проблема с каким-то софтом, пробуйте искать ответ на форумах debian.
Проблем было море и когда переходили с пакетной базы Убунты на Дебиан, чего стоит только сглаживание шрифтов.