Добрый день.
Ну во первых сразу привыкайте работать с джангой через виртуальные окружения. Зачем вам «засорять» систему джангой, потом еще какими-нибудь батарейками. Ну а ответ на ваш вопрос — да, можно и для 2-го и для 3-го. Физически будут разные джанги, в своик папочках для 2-го питона и для 3-го

Ща под виндой, точно не скажу, но скорее всего просто pip это символическая ссылка у вас на pip2. Но не уверен…
Но повторюсь, используйте virtualenv. Вкратце.
sudo pip(pip3) install virtualenv
Пип то под которым будете питоном делать проект. Можно еще ставить ставить как-то ьак: python -m…<что-то там>, но за ненадобностиью не помню как..
Не суть. поставили virtualenv.
virtualenv —no-site-packages my_virtualenv_names
my_virtualenv_name — имя папочки, в которой создаться виртуальное окружение….
—no-site-packages — это значит не использовать пакеты системы. И все, дамы и господа. Осталось только его активировать
source my_virtual_env/bin/activate
С этих пор все pip install’ы будут в этой папочке ставится, питон вызываться из этой, и pip можно без sudo вызывать…
Надоел проект или еще что, грохнули папку и ваша ОСНОВНАЯ система, девственно чиста)
Ах да, забыл. Декстивировать вирт окружение командой deactivate

Есть еще много плюсов использования вирт окуружения.
Допустил поставили вы на основную систему «сапера». Игрушку. А разработчику в голову по пьяни пришло добавить RestAPI в игруху, на django rest framework(DRF).
Вы разрабатываете проект на системном питоне, делаете restApi, выкатываете в продакт — а тут бац, там то сапера не ставили, а DRF-то вашему проекту нужен…
А в виртуалке, вы бы набрали pip freeze(вроде так) и все, зависиости вам напечатаются

Благодарю за ответ