айбас ставил по этой инструцие https://mydeepin.ru/reshenie-problemy-s-nerabotayushhimi-goryachimi-klavishami-v-russkoj-raskladke-i-ne-tolko/

Всю информацию можно найти в GIT
вот тут ребята копались уже:
https://mydeepin.ru/question/raskladka-alt-shift/
ещё попробовать настроить dconf
https://mydeepin.ru/pereklyuchenie-raskladki-s-pomoshhyu-alt-shift-bez-kostylej-i-zaderzhek/

Всё делалось, для того, что бы не искать никаких альтернативных решений. На какой хоткей у вас стоит переключение? Всё переключается без проблем, и чем одновременнее  нажать alt+shift тем быстрее переключится.

! А ещё не надо зажимать альт на долго, это вызовет меню выбора языков и придется жать два раза, видимо из-за этого у вас и не срабатывает переключение.

Кстати, только что проверил, у меня не меняется раскладка при смене фокуса окна. Что бы не делал, сохраняется выбранная раскладка, попробуйте на чистой системе. У меня кстати система установлена полтора года назад, и после этого только обновления, и  ibus стоит тоже ,я не удалял, только убрал из автозагрузки после 15.4.1.

Выставил все 3 варинта переключения(супер+спейс,альт+шифт и еще-какой-то)

Люди баловались с iBus до 15.4.1. Теперь он не нужен. Вот https://mydeepin.ru/question/ibus-nastrojka-hotkey/ люди уже уперлись.

Пользуйтесь штатными методами и не ломайте систему.

Вы совершенно правы, хотя конфигуратор ibus-а не запускался, сам демон продолжал свою работу, поэтому и были такие странные глюки