У меня тоже возникла такая проблема с файл менеджером, после установки шрифтов, но я откатился на бекап, пока не было времени выяснять, но проблема есть, если будет время попробую сегодня ещё раз её воспроизвести. Проблема возникает если после последнего обновления производить манипуляции с установкой шрифтов. Можно попробовать установить Наутилус, посмотреть что будет. Переустановка dde-file-manager проблему не решает.