Тогда ещё можно и \usr отдельным делать, ПО доустанавливать не нужно. А отдельный \home это хорошо, однако перед перестановкой системы все равно нужно удалять папки типа .config .kde .gnome .gtk и т.д. Ибо можно запросто получить корявую тему окружения

Если удалять папки типа .config .kde .gnome .gtk и т.д. слетят все настройки. Если вы ставите туже систему, в нашем случае Deepin, то всё встанет ровно без косяков, а вот если ставить другую систему, то да,  \home нужно чистить обязательно.

Про «другую систему» и имел ввиду, но настройки слетят, в основном, только рабочего стола, большинство приложений крупных, все-таки свой конфиг делают (.thunderbird .skype .yandex ,mozilla и т.д.).  Если dde сильно изменится, по сравнению с предыдущей версией, то тоже могут быть проблемы с темой окружения.